Sejarah berdirinya Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam FMIPA diawali dengan pembentukan tim penyusun naskah akademik pada tahun 2014, yang anggotanya terdiri dari unsur pimpinan dan dosen dari Jurusan Pendidikan MIPA FKIP Universitas Palangka Raya. Tim ini dibentuk berdasar SK Rektor Universitas Palangka Raya No 500/UN24/KP/2014. Sesuai perencanaan Rektor Universitas Palangka Raya periode 2013 – 2017 tentang pengembangan Fakultas di lingkungan Universitas Palangka Raya, maka Tim ini dibentuk dengan tujuan untuk meningkatkan status Jurusan Pendidikan MIPA FKIP Universitas Palangka Raya Menjadi Fakultas MIPA. Naskah akademik yang sudah dibuat oleh tim dikirim ke Kemenristekdikti untuk diproses lebih lanjut. Berdasar usulan tersebut, selanjutnya pada tahun 2015 untuk pendirian Fakultas MIPA tertuang dalam Organisasi dan Tata Kerja (OTK) Universitas Palangka Raya pasal 44 yang terdapat dalam Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 47 tahun 2015. Sebagai tindak lanjut pada tahun 2016 atas dasar adanya persetujuan naskah akademik dan OTK, dengan dibukanya Fakultas MIPA dibentuk tim pengelola Fakultas MIPA dengan Surat Keputusan Rektor/SK Rektor Universitas Palangka Raya Nomor 364/UN24/KP/2016 tanggal 12 Oktober 2016. Tim ini dibentuk dengan tujuan menyusun naskah proposal pendirian program sarjana (S1) program studi baru yaitu program studi Kimia, program studi Biologi dan program studi Fisika. Usulan pendirian program studi diupload secara online pertama kali adalah Program Studi Kimia dengan tanggal usulan 30 Agustus 2017 dan mendapat persetujuan izin pembukaan program studi berdasar SK Kemenristekdikti No 584/KPT/I/2017 pada tanggal 18 Oktober 2017. Berikutnya program studi Biologi dengan izin pembukaan program sarjana (S1) dari Kemenristekdikti Nomor: 626/KPT/I/2017, pada tanggal 9 November 2017. Selanjutnya program studi Fisika tanggal usulan 29 Agustus 2017 dan mendapat izin pembukaan program studi berdasar SK Kemenristekdikti No 649/KPT/I/2017 pada tanggal 16 November 2017.